Sekitar tahun 1942 pasukan sekutu dan Jepang menghancurkan ibukota Afdeling Donggala maka, pada tahun 1950 tempat pemerintahan dialihkan ke Palu. Berdasarkan Undang-Undang Darurat No. 1 Drt/1951 tentang Tindakan-Tindakan Sementara untuk Menyelenggarakan Kesatuan Susunan Kekuasaan dan Acara Pengadilan-Pengadilan Sipil maka, Pengadilan Swapraja (Zelfbestuursrechtspraak) dihapus diseluruh wilayar Republik Indonesia dan dibentuklah Pengadilan Tinggi Makassar meliputi daerah-daerah hukum segala Pengadilan Negeri yang lain dalam daerah Republik Indonesia termasuk Pengadilan Negeri Donggala yang pertama kali berkantor di rumah Pak Yunus di Jalan Sungai Gumbasa dengan dan memiliki tempat sidang tetap (Zitting Plaatsen) di Donggala, Poso, Toli-Toli dan Luwuk. Pada tahun 1953 Pengadilan Negeri Donggala pindah ke kantor Swapraja. Satu tahun kemudian sekitar tahun 1954 pindah ke Kantor Besar di jalan Ahmad Dahlan dan tahun berikutnya berkantor di Rumah Bapak Yoto Djanggola.
Dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1968 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi di Menado dan Perubahan Daerah Hukum Pengadilan Tinggi di Makasar, maka wilayah hukum Pengadilan Tinggi Manado meliputi Pengadilan Negeri Tondano, Kotamobagu, Tahuna, Gorontalo, Limboto, Donggala, Poso, Toli-Toli dan Luwuk.
Setelah Kota Palu resmi menjadi Kota Administratif pada Tanggal 27 September 1978, maka pada tahun 1981 Pengadilan Negeri Donggala berubah menjadi Pengadilan Negeri Palu yang saat itu dipemimpin oleh Bapak W.J. Winardi, SH,. Pada tahun 1982 dengan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 1982 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Sulawesi Tengah di Palu dan Perubahan Wilayah Hukum Pengadilan Tinggi Manado maka, Pengadilan Tinggi Sulawesi Tengah dengan wilayah hukum meliputi 4 (empat) buah pengadilan negeri yaitu Pengadilan Negeri Palu, Pengadilan Negeri Poso, Pengadilan Negeri Luwuk, Pengadilan Negeri Toli Toli. Pada saat itu Pengadilan Negeri Palu dibawah kepemimpinan Bapak Soeroto, SH memiliki (Zitting Plaatsen) di Donggala dan Parigi.
Setelah memperoleh tanah hibah dan bangunan dari Pemerintah Daerah pada tahun 1957, Pengadilan Negeri Palu pindah ke Jalan Matahari yang sekarang berganti nama Jalan Gatot Subroto No. 40. Pada Proyek Pelita III Tahun 1979/1980, dibebaskan lahan seluas 14.800 M2 dan pembangunan gedung kantor Pengadilan Negeri Palu sehingga dibangunlan Pengadilan Negeri Palu di Jalan Dr. Samratulangi No. 46 Palu yang merupakan alamat kantor Pengadilan Negeri Palu saat ini.
Sesuai dengan Keputusan Presiden RI No. 97 Tahun 2004 tertanggal 18 Oktober 2004 tentang Pembentukan Pengadilan Negeri Manggala dan Pengadilan Negeri Donggala Wilayah Donggala dikeluarkan dari wilayah hukum Pengadilan Negeri Palu. Kemudian dengan Keputusan Presiden RI No. 3 Tahun 2008 tertanggal 26 Januari 2008 dibentuk pengadilan Negeri Parigi yang wilayah hukumnya meliputi wilayah Kabupaten Parigi Moutong dan wilayah hukum Parigi Moutong dikeluarkan dari Pengadilan Negeri Palu.
Pengadilan Hubungan Industrial Palu pada Pengadilan Negeri Palu dibentuk berdasarkan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2004 tentang Penyelesaian Perselisihan Hubungan Industrial, sebagaimana diatur dalam pasal 59 (1) bahwa untuk pertama kali dengan undang-undang ini dibentuk Pengadilan Hubungan Industrial pada setiap Pengadilan Negeri Kabupaten/Kota yang berada di setiap Ibukota Provinsi yang daerah hukumnya meliputi provinsi yang bersangkutan.
Sesuai dengan amanat Undang-Undang Nomor 46 Tahun 2009 , Mahkamah Agung (MA) telah membentuk Pengadilan Tipikor Palu pada Pengadilan Negeri Palu. Hari Kamis Tanggal 20 Oktober 2011, Ketua MA Harifin Tumpa secara simbolis meresmikan operasionalisasi 15 pengadilan Tipikor daerah, di Palangkaraya, Kalimantan Tengah. Ke-15 Pengadilan Tipikor daerah yang diresmikan itu, antara lain tersebar di Palangkaraya, Banda Aceh, Tanjung Pinang, Jambi, Pangkal Pinang, Bengkulu, Mamuju, Palu, Kendari, Manado, Gorontalo, Denpasar, Ambon, Ternate, dan Manokwari.
Berdasarkan catatan sejarah sejak tahun 1981 sampai sekarang Pengadilan Negeri Palu telah diketuai oleh :
1. W.J. Winardi, SH
2. Moh. Sanusi, SH
3. Soeroto, SH
4. James Pardede, SH
5. Supartomo, SH
6. Mardjijo, SH
7. H. Djufri Baidjuri, SH
8. Parluhutan Siregar, SH
9. Suwardi, SH
10. Sudarmo, SH
11. Ahmad Iswandi, SH
12. H. Abdul Rachim, SH
13. Faturrahman, SH
14. Hari Almusahadi, SH. (Tahun 2009 - 2010)
15. Heru Pramono, SH.,M.Hum. (Tahun 2010 - 2011)
16. H. Erwan Munawar, SH., MH. (Tahun 2011 - 2014)
17. I Wayan Karya, SH., M.Hum. (Tahun 2014-2015)
18. Sutarto, SH., M.Hum (Tahun 2015 - 2016)
19. Sutaji, SH., MH. (Tahun 2016 - 2017)
20. Ahmad Yasin, S.H., M.H. (Tahun 2017 - 2019)
21. Hj. Sukmawati, S.H., M.H. (Tahun 2019 - 2020)
22. Marliyus M.S., S.H., M.H. (Tahun 2020 - 2021)
23. Dr. Johanis Hehamony, S.H.,M.H. (Tahun 2022 - 2023)
24. Chairil Anwar, S.H., M.Hum. (Tahun 2023 s/d sekarang)